Bereits am 14. Juli 1933, unmittelbar nach der Machtergreifung, wurde das "Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses" verabschiedet. Ziel war die "allmähliche Reinigung des Volkskörpers und die Ausmerzung von krankhaften Erbanlagen". Alle, die an "angeborenem Schwachsinn, Schizophrenie, circulärem Irresein, erblicher Fallsucht, erblichem Veitstanz, erblicher Blindheit oder Taubheit, schwerer körperlicher Mißbildung bzw. schwerem Alkoholismus" litten, konnten nunmehr gegen ihren Willen unfruchtbar gemacht werden. Die Eingriffsmöglichkeiten des Staates in das Leben der Betroffenen wurden sukzessive ausgeweitet, beispielsweise durch Zwangsabtreibung, Heiratsverbot und erbbiologische Durchleuchtung der gesamten Familie.

Mit dem Inkrafttreten des Erbgesundheitsgesetzes am 1. Januar 1934 wurde zugleich eine eigene Gerichtsbarkeit eingerichtet. In den Erbgesundheitsgerichten und Erbgesundheitsobergerichten entschieden jeweils ein Richter und zwei Ärzte über die Anträge auf Unfruchtbarmachung. Aufgrund des "Erbgesundheitsgesetzes" wurden zwischen 1934 und 1945 vermutlich 360.000 Zwangssterilisationen durchgeführt.

Nennenswerten Widerstand gegen dieses Gesetz gab es nur von der katholischen Kirche, die sich weigerte, Sterilisationen in katholischen Krankenhäusern durchzuführen. In ihren Anstalten konnte sie durch strikte Geschlechtertrennung und sichere Umzäunung viele ihrer Pfleglinge vor der Sterilisation bewahren. Die Bischöfe hatten sich vor 1933 – weil sie jedes Leben für unantastbar erklärten – gegen Abtreibung und freiwillige Sterilisation gewandt. Nach 1933 wandten sie sich aus den gleichen Motiven gegen Zwangssterilisation, eugenisch indizierte Zwangsabtreibungen und später gegen die "Euthanasie".

Das Verfahren der Sterilisation war juristisch und bürokratisch genau festgelegt. Für die Wittenauer Patienten stellte in über 90 Prozent der Fälle der Ärztliche Leiter den Antrag auf Unfruchtbarmachung. Dem Erbgesundheitsgericht stellte die Anstalt die Krankengeschichte, ein fachärztliches Gutachten und, falls erforderlich, einen Intelligenztest zur Absicherung der Diagnose zur Verfügung. Das Gericht entschied aufgrund der schriftlichen Unterlagen. In Ausnahmefällen wurde der Betroffene selbst gehört. War der Beschluss rechtskräftig geworden, musste sich der Patient in einem Krankenhaus auch gegen seinen Willen durch operativen Eingriff oder durch Röntgenbestrahlung sterilisieren lassen. Für Wittenauer Patienten ergingen von Januar 1934 bis September 1938 über 1.700 Beschlüsse von Erbgesundheitsgerichten auf Unfruchtbarmachung. Bis Kriegsende dürften es über 2.000 gewesen sein. Gegen den Beschluss konnte in der nächsthöheren Instanz Beschwerde eingelegt werden. Daher folgte nicht auf jede Sterilisationsanordnung auch die sofortige Unfruchtbarmachung. Bis dahin konnten Monate, manchmal sogar Jahre verstreichen.

Im Laufe der Zeit nahm die Zahl der Beschwerden deutlich zu. 1934 gab es nur in 3 Prozent der Fälle Beschwerden, 1938 waren es bereits 25 Prozent. Häufig wurde die Beschwerde damit begründet, dass nicht Erbkrankheiten, sondern äußere Faktoren wie materielle Not, Arbeitslosigkeit, familiäre Konflikte oder Liebeskummer die Einlieferung und Behandlung notwendig gemacht hätten. Für die meisten Patienten brachte dies nur einen Aufschub, aber keine Verhinderung der Sterilisierung.

Die zur Unfruchtbarmachung verurteilten Wittenauer Patienten kamen zumeist aus der Unterschicht. Viele waren Hausangestellte, Arbeiter und Handwerker. Die Zwangsoperationen wurden u. a. im Rudolf-Virchow-Krankenhaus, im Krankenhaus Neukölln, im Krankenhaus Spandau, im Moabiter Krankenhaus und im Auguste-Viktoria-Krankenhaus durchgeführt.